Paus Francis menyokong pengajaran Katolik yang berpendapat bahawa perbuatan seks sejenis adalah suatu kegiatan yang tidak bermoral. Walau bagaimanapun, beliau berkata bahawa golongan homoseksual perlu dilayan dengan hormat.[17][18] Bergoglio adalah seorang yang menentang perkahwinan sejenis. Pada tahun 2011, beliau menyatakan ke arah perasmian tersebut suatu "kerja orang jahat".[19]

Argentina dianggap membenarkan perkahwinan jantina yang sama pada tahun 2010. Pada masa itu, Bergoglio menentang undang-undang ini.[20] Pada bulan Julai 2010, apabila undang-undang adalah di bawah pertimbangan, beliau menulis surat kepada rahib Argentina yang terkurung.[21][22][23]